科学研究

超分辨光学成像研究取得新进展——基于FPGA的嵌入式数据处理可大幅降低海量数据处理的挑战

来源:武汉光电国家研究中心   作者:  发布时间:2013年05月28日  点击量:

超分辨光学成像是本世纪光学显微成像领域最重要的突破。其中,基于单分子定位的超分辨光学成像技术(即:超分辨定位成像),将单分子成像与高精度分子定位算法相结合,突破了光学衍射决定的分辨率极限,为生物医学研究提供了前所未有的工具。但是,产生一幅超分辨图像,需要使用几百甚至几千幅单分子荧光图像。因此,超分辨定位成像的主要缺陷是成像速度较慢。
从原理可知,超分辨定位成像技术依赖于海量单分子荧光信号的探测、传输、存储和分析。在此前的研究中,武汉光电国家实验室(筹)Britton Chance生物医学光子学研究中心黄振立教授课题组通过理论(Journal of Biomedical Optics, 2010, 15, 066005)和实验(Optics Express, 2011, 19, 19156-19168. Optics Express, 2012, 20, 17741-17759),证实新型弱光相机sCMOS可以取代常用的EMCCD相机,成为超分辨定位成像的首选探测器。将sCMOS相机与超分辨定位成像技术相结合,解决了单分子荧光信号的大面积高速探测的挑战,有望大幅提高该技术的成像速度和成像视场。但是,基于sCMOS相机的超分辨定位成像技术,将面临海量数据流(高达1 GB/s)的传输、存储和分析的挑战。
近期,武汉光电国家实验室黄振立教授与博士生马洪强等人发现,超分辨定位成像中的单分子荧光信号具备稀疏分布特征,对超分辨图像重建有用的数据只占原始数据很小一部分。因此,若仅输出这些有效数据,可以大大降低数据传输、存储和分析的挑战。同时,考虑到sCMOS相机是利用FPGA芯片做采集时序控制的,而这种专用的硬件处理器非常适合用于实现嵌入式有效数据提取。鉴于此,他们跟sCMOS相机制造商(Hamamatsu Photonics)合作,通过分析仿真数据与实验数据(图1),证实可以利用sCMOS相机自带的FPGA芯片,实现嵌入式实时数据提取,将原始数据压缩至~10%,大大降低了数据流,缓解了数据传输、存储和分析的压力。该研究成果发表在Optics Letters(Vol. 38, Iss. 11, pp. 1769-1771,2013)上。

图:实验数据分析结果

(责任编辑:陈智敏)